Kontrakt vedrørende massespektrometer

Description

Køb af et massespektrometer til forskningsformål på Roskilde Universitet Lot 1: Institut for Videnskab & Miljø (INM) har i flere år brugt højopløselig Orbitrap-baseret massespektrometri til kvalitativ og kvantitativ analyse af prøver fra forskellige matricer. Det er derfor et ønske, at det nye system er 100 % kompatibelt med vores eksisterende system både i forhold til etablerede metoder og dataanalyse. Det er kun en del af det samlede system, der skal udskiftes. Det nuværende LC-setup, Ultimate3000RSLC nano-system, vil blive forbundet med det nye Orbitrap-system, hvilket sikrer genbrug af et dyrt system, der stadig er operationelt og opdateret, og sikrer en kort nedetid, da brugerne allerede kender systemet. Da dette er en opgradering, hvor et ældre Orbitrap system - vil blive erstattet med et nyere, mere nuværende system, vil systemet køre med samme software som det gamle system. Således behøver brugeren ikke at lære ny software, hvilket sikrer den kortest mulige nedetid og dataanalyse. Det er også et krav, at de nye systemer er kompatible med hinanden i forhold til metoder, hardware og dataanalyse. På Institut for Naturvidenskab & Miljø (INM), Roskilde Universitet, har vi etableret en række metoder til at karakterisere peptider og proteiner i forskellige prøver, fra bakterier til humane celler og væv, for at undersøge f.eks. virkemåde for antibiotiske peptoider og belysning af protein-pathway-aktivitet for forskellige stadier af sygdom. Der er et stigende behov for at undersøge proteiner med høj massenøjagtighed for at undersøge proteinsammensætningen samt graden af posttranslationelle modifikationer af de enkelte proteiner. Endvidere er det et krav, at nyere kvantificeringsmetoder på aminosyre-, peptid- og proteinniveau, understøttes af instrumentet. I forhold til kvantificering er der et ønske om at anvende 16 plex tandem masse tags (TMT) til relativ kvantificering af proteiner i proteomiske projekter. Brugen af TMT-etiketter, giver øget kvantitativ ydeevne sammenlignet med etiketfri kvantificering (LFQ) og mulighed for multipleksing. TMT begrænser manglende værdier og øger samtidig statistisk sikkerhed. Dette kræver et instrument med meget høj opløsning i MSMS-scanningstilstand for at kunne adskille fragmentionerne fra fragmenteringen af massemærker i MSMS-spektrene og dermed i den efterfølgende databehandling gøre det muligt nøjagtigt at beregne det relative indhold af alle proteinerne i prøven. Orbitrap-teknologi er påkrævet ved brug af 12-18 plex-mærkning, dette kræver mindst 40 000FWHM opløsning for at adskille de isobariske etiketter Behovet for opløsning er nøglen, når man analyserer komplekse kromatogrammer. QExactive plus med 140.000FMWH ved 200m/z og 12Hz scanningshastighed vil sikre tilstrækkelig adskillelse og specificitet. Orbitrap-teknologien er patenteret af Thermo.