Medical equipments

Description

Afdeling for Klinisk Biokemi og Farmakologi på Odense Universitetshospital har gennem en lang årrække anvendt high-resolution orbitrap-baseret massespektrometri samt tripple-quadrupole massespektrometri til kvantitative analyser af proteiner og metabolitter mv. i en lang række kliniske prøver i både forskningsmæssige og rutine-diagnostiske sammenhænge. De systemer, vi ønsker, skal være 100% kompatibelt med eksisterende systemer både analyseteknisk og softwareteknisk. Dette skal sikre, at metoderne er kompatible og metoderne kan flyttes mellem instrumenterne – både mellem tripple quadrupole instrumenterne og mellem orbitrap instrumenterne - uden ændringer i opsætning af software og hardware eller ”gen-udvikling” af eksisterende statistiske modeller til databehandling. Afdelingen råder i dag over yderligere et Thermo Fisher Orbitrap LC-MSMS system samt 4 tripple-quadrupole LC-MS/MS systemer, som alle anvendes til blandt andet (Se videre i punkt II.2.4). TDM analyser og til misbrugsanalyser. Alle eksisterende systemer anvender samme software. Personalet, der anvender eksisterende udstyr, skal også anvende det kommende udstyr. Det er vores erfaring at anvendelse af forskellige software til enslydende udstyr øger mængden af fejl og utilsigtede hændelser betragteligt. Dette forhold vil efter vores vurdering i forbindelse med diagnostisk- og driftsanalyser kompromittere patientsikkerheden. I relation til sygdomsdiagnostik har Afdelingen for Klinisk Biokemi og Farmakologi gennem de seneste 3 år udviklet en metode netop baseret på orbitrap massespektrometri til præcis diagnosticering af patienter, som lider af amyloidose, der er en sjælden og meget alvorlig sygdom. Denne præcise diagnose er altafgørende for valget af behandling, som består af enten kraftig kemoterapi eller organtransplantation – helt afhængig af den præcise diagnose af amyloidose-subtypen. Forkert diagnose og dermed fejlbehandling vil få fatale konsekvenser for patienten og kan betyde manglende eller unødig kemobehandling eller – i værste fald - organtransplantation. Da der er tale om udskiftning af det eksisterende orbitrapmassespektrometer, hvormed analysen udføres, er det af afgørende betydning for metodens sensitivitet og specificitet, at analysen fortsat udføres på et orbitrap massespektrometer fordi selve analysemetoden er baseret på orbitrap massespektrometri og at den statistiske model (baseret på Random Forest og Support Vector Maschine klassifikation), der anvendes til den efterfølgende databehandling og endelig diagnosticering, netop er baseret på data fra Orbitrap massespektrometrisk analyse af adskillige hundrede biopsier fra amyloidose-patienter og derfor kun kan diagnosticere på baggrund af orbitrap analysedata. I relation Orbitrap LC-MSMS-baseret klinisk proteomics-forskning, hvor der ofte analyseres mere en 500 prøver, har afdelingen udviklet en række analyse-workflow, som alle er baseret på isotop-indlejring af 10- og 11-plex tandem mass tags (TMT) til relativ kvantificeret af proteiner og mellemlange til HPLC-gradienter og data-dependent MSMS analyse af isotop-mærkede peptider. Disse workflows forudsætter, at massespektrometeret har en meget høj resolution i MSMS scan mode for at kunne adskille fragmentionerne fra fragmenteringen af mass tags i MSMS spektrene, og dermed i den efterfølgende databehandling gøre det muligt præcist at kunne beregne de relative indhold af alle analyserede proteiner i en given prøve. Kravene til denne høje resolution i MSMS mode (> 120 000) og massenøjagtighed opfyldes kun af massespektrometre, der er baseret på orbitrap-teknologi. Sammenfattende er de teknologiske og softwaremæssige krav til det ønskede high-resolution MS instrument, at metoder, workflows, nano-interfaces inklusiv FAIMS Pro samt den efterfølgende down-stream databehandling skal være kompatible og med afdelingen anden high-resolution massespektrometer (Thermo Scientific Eclipse Tribrid mass spectrometer). Alle afdelingens eksisterende tripple-quadrupole LC-MSMS instrumenter er koblet op til afdelingens LIMS med en specialprogrammeret algoritme lavet in house. Det er vores vurdering, at det vil medføre uforholdsmæssigt store tekniske vanskeligheder at programmere en opkobling til et andet fabrikat til afdelingens LIMS. Afdelingen har en målsætning om altid at anvende nyeste teknologi. De eneste instrumenter, der apparatur der imødekommer disse krav er Thermo Scientific TSQ Altis tripple quadrupole samt Thermo Scientific Orbitrap Exploris 480.