Laboratory, optical and precision equipments (excl. glasses)

Description

Region Midt har til hensigt at indkøbe 2 sekvenatorer med bestemt kapacitet og fleksibilitet. Apparaterne skal kunne integreres i afdelingens nuværende delvist automatiserede prøveflow. Region Midt har til hensigt at indkøbe 2 sekvenatorer. Der kræves sekvenatorkapacitet til at sekventere 4 000-6 000 genomer/år med en dækning på 30 x og en meget lav fejlrate (>75 % af baser >Q30) hvilket er jf. gældende internationale standarder (se f.eks. https://www.cap.org/member-resources/precision-medicine/next-generation-sequencing-ngs-worksheets). Fejl-raten skal være meget lav for alle varianttyper (enkeltbase varianter, insertioner og deletioner), hvilket pt. kun understøttes af sequencing-by-synthesis og paired-end sequencing. Sekvenatorerne skal derudover være fleksible og kunne analysere hele genomer, exomer, targeterede paneler og RNA sekventering. Der skal være en kapacitet på ≥ 5 mia. reads/run. Afslutningsvis er det et krav, at der er fuld interoperabilitet med afdelingens nuværende delvist automatiserede prøveflow herunder eksisterende sekvenator. Indkøbet har til hensigt at fungere som back up for den sidste del i prøveflowet, dvs. selve sekventeringen efter den primære prøvebehandling fra DNA til sekventeringsklart bibliotek. Disse behandlede biblioteker skal kunne overføres til back up apparatur uden, at det i øvrigt negativt påvirker kliniske svartider eller automatiseringsgraden. Dette er ikke muligt med andre fabrikater end Novaseq fra Illumina.